Enstitümüz 1983 yılında Anadolu Üniversitesi Sağlık Bilimleri Enstitüsü olarak 2547 Sayılı Yükseköğretim Kanunu’ nun 3/1, 19, 50 ve 65’ inci maddelerinde yer alan hükümler gereğince Tıp ve Eczacılık Fakültelerinin ilgili anabilim dallarında yapılacak lisansüstü öğrenimlerini düzenlemek ve denetlemek amacıyla kurulmuştur.
1993 yılında Eskişehir Osmangazi Üniversitesi kurulması nedeniyle Anadolu Üniversitesi’nden ayrılan Enstitümüz, Eskişehir Osmangazi Üniversitesi Rektörlüğüne bağlı 23 Anabilim Dalında Yüksek Lisans ve Doktora Eğitim ve Öğretimi yaptırmak üzere yeniden teşkilatlanmıştır. Kuruluşundan bugüne kadar 458 adet Yüksek Lisans ve 233 adet Doktora öğrencisi (Toplam 691 öğrenci) mezun eden Enstitümüz, Sağlık Bilimleri alanında ülkemize bilgili, araştırmacı ve yetenekli öğretim üyeleri yetiştirmiştir.
Eskişehir Osmangazi Üniversitesi Tıp Fakültesi’nde ve diğer Fakültelerinde, Anadolu Üniversitesi Eczacılık Fakültesi’nde ve diğer birçok Üniversitede Profesör, Doçent, Yardımcı Doçent ve Öğretim Görevlisi olarak akademik kadrolarda görev yapan mezunlarımızın bulunması, Enstitümüzde yapılan Lisansüstü Eğitim kalitesini ortaya koymaktadır. Enstitümüzde yapılan araştırmalar ve çalışmalar neticesinde 559 adet Yüksek Lisans ve Doktora tezi hazırlanmış olup, bunların bir kısmı araştırma projesi olarak değerlendirilmiş, bir kısmı uluslararası dergilerde makale olarak yayınlanmıştır.